Svinesundskomiteen er opprettet av og styres av tillitsvalgte fra kommuner og fylker/regioner. Det høyeste beslutningsorganet er årsmøtet, som avholdes en gang i året. Medlemmene i Svinesundskomiteen utpeker delegater til årsmøtet og foreslår to representanter til styret. Årsmøtet utnevner styret, som møtes to ganger i året og tar beslutninger i overordnede saker. Arbeidsutvalget møtes seks ganger i året og har ansvar for å treffe beslutninger i saker som gjelder den løpende virksomheten.