Svinesundskomiteens besluttende organ er styret og arbeidsutvalget.
I styret inngår to utpekte representanter fra hver medlemskommune og region/fylke. Styrets hovedoppgave er å diskutere og fatte beslutninger i saker av overordnet og prinsipiell karakter. Det fattes for exempel beslutninger om budsjett og virksomhetsplan.